İlker Başbuğ'un avukatı İlkay Sezer aracılığıyla yapılan itirazı değerlendiren İstanbul 12. Ağır Ceza Mahkemesi heyeti, Başbuğ'un Yüce Divan'da yargılanma talebi ile tutukluluğa yaptığı itirazı reddetti. Mahkeme iki sayfalık kararında şu ifadelere yer verdi:
"Şüpheliye isnat edilen eylemlerin 5237 sayılı TCK'nın 4. kısım 5. bölümde düzenlenen anayasal düzen ve bu düzenin işleyişine karşı işlenen suçlardan olduğu; 3713 sayılı Terörle Mücadele Kanunu 3. maddesi uyarında atılı eylemlerin terör suçu olarak nitelendirildiği aynı yasanın 9. maddesinin emredici hükmü uyarınca 5271 sayılı CMK'nın 250. maddesiyle görevli ve yetkili mahkemelere ait olduğu, şüphelinin suç tarihi itibariyle Türkiye Cumhuriyeti'nin 26. Genelkurmay Başkanı olduğu, 1324 sayılı 'Genelkurmay Başkanı'nın görev ve yetkilerine ait kanunda' Genelkurmay Başkanı'nın görev ve yetkilerinin açıkça belirlendiği, 07.05.2010 tarih ve 5982 sayılı kanunun 15. maddesiyle değişik 1982 anayasasının 145. maddesi ve madde gerekçesi birlikte değerlendirildiğinde 'anayasal düzen ve bu düzene karşı işlenen suçlara ait davalara herhalde adliye mahkemelerinde görülüyor.' Amir hükmünün atılı eylemlerin kim tarafından işlenirse işlensin adliye mahkemelerinde yargılanacağının açıkça ve kesin bir şekilde düzenlendiği 07.05.2010 tarih ve 5982 sayılı kanunun 18. maddesiyle değişik 1982 Anayasası'nın 148. maddesine eklenen ek fıkra ile 'Genelkurmay Başkanı ve kuvvet komutanlarının görevleriyle ilgili suçlardan dolayı Yüce Divan'da yargılanırlar' hükmü ve 6216 sayılı Anayasa Mahkemesi'nin kuruluşu ve yargılama usulleri hakkında kanunun hükümleriyle gerekçeleri birlikte değerlendirildiğinde Yüce Divan'da yargılanmasıyla ilgili hususun göreviyle ilgili suçlarla açıkça sınırlandırıldığı, isnat edilen eylemlerin görev kapsamında değerlendirilmesinin hukuken olanaksız olduğu anlaşılmakla, şüpheli Mehmet İlker Başbuğ'a isnat edilen eylemlerin anayasal düzene ve bu düzenin işleyişine karşı suçlardan olduğu Türkiye Cumhuriyeti Anayasası'nın 145. ve 148. maddeleriyle 3713 sayılı yasanın 3. ve 9. maddeleriyle, 5271 sayılı CMK'nın 250. maddesi hükümleri birlikte değerlendirildiğinde göreve ilişkin itirazın reddine karar verildi."
Mahkeme 2 sayfalık kararının, tutukluluk haline ilişkin yapılan itirazın değerlendirilmesi bölümünde ise, "Dosya kapsamı, dosyada bulunan belgeler ve içerikleri dikkate alındığında şüpheli Mehmet İlker Başbuğ'a isnat edilen eylemleri işlediğine ilişkin kuvvetli suç şüphesinin varlığını gösteren olguların bulunduğu ve halen devam ettiği, atılı eylemlerin 5271 sayılı CMK'nın 100/3. maddesinde sayılan 'anayasal düzene ve bu düzenin işleyişine karşı suçlardan olduğu', şüphelinin soruşturma aşamasındaki tutum ve davranışları dikkate alındığında delillere etki etme ve karartma şüphesinin bulunduğunun anlaşıldığından nöbetçi hakimin tutukluluğa ilişkin verdiği kararında bir isabetsizlik görülmediğinden İlkay Sezer'in müvekkilinin tutukluluk haline ilişkin itirazının reddi ile şüpheli Mehmet İlker Başbuğ'un tutukluluk halinin devamına kesin olmak üzere karar verildi" ifadelerine yer verdi.