Sezona Gaziantep'teki Spor Toto Türkiye Kupası A Grubu maçlarıyla başlayan Pınar Karşıyaka, grubu lider tamamlayıp adını 8'li finallere yazdırdı. Ankara'daki 8'li finallerde Türk Telekom, Fenerbahçe Ülker ve Anadolu Efes'i mağlup eden Pınar Karşıyaka, lig şampiyonluğu ve Cumhurbaşkanlığı Kupası'nın ardından Spor Toto Türkiye Kupası'nı da müzesine götürdü.
Beko Basketbol Ligi'nde başarıyla temsil ettiği İzmir'i ligin en zor deplasmanı haline getiren Pınar Karşıyaka, normal sezonu 6. sırada tamamladıktan sonra play-off çeyrek finalinde Anadolu Efes karşısında 1-0 geriye düşmesine rağmen aldığı 2 galibiyetle rakibini elemeyi başardı. Geçen sezon olduğu gibi bu yıl da yarı finale yükselen yeşil kırmızı ekip, Fenerbahçe Ülker'e yenilerek 27 yıl sonra final oynama şansını kaybetti.
Bu sezon Türkiye'yi ULEB Avrupa Kupası'nda temsil eden Pınar Karşıyaka, 2. tura yükselmesine rağmen 16'lı finallere yükselmeyi son maçta kaybetti. Yeşil kırmızılı ekip geçen sezon İzmir'in ev sahipliğinde oynanan FIBA EuroChallenge Kupası Dörtlü Final son maçında Rus ekibi Krasnye Krylia'ya 77-76 yenilerek ikinci olmuştu.
2013-2014 sezonu
ULEB Avrupa Kupası nedeniyle yoğun maç trafiği geçiren Pınar Karşıyaka bu sezon Beko Basketbol Ligi'nde 36, ULEB Avrupa Kupası'nda 16 ve Türkiye Kupası'nda 6 maça çıktı. Toplam 58 resmi maç yapan İzmir temsilcisi 31 galibiyet ve 27 mağlubiyet aldı. Sezonu yüzde 53,44'lük galibiyet oranıyla tamamlayan Pınar Karşıyaka'da Jon Diebler ve Soner Şentürk tüm maçlarda forma giydi.
Tüm maçlarda 16,2 sayı ortalaması yakalayan Batista en skorer isim olmanın yanı sıra 8,42 ribaund ortalamasıyla da bu alanda da liderliği bırakmadı. En skorer isim sıralamasında Batista'yı 15,8 ile Dixon ve 12,4 ortalama ile Diebler izledi.
