Yüzey sıcaklığı çok yükselebilmesine karşın, Merkür'ün yüzeyinde donmuş su, yani buz olduğu Kasım 2012'de kanıtlanmıştır. Derin kraterlerin tabanları ve kutup bölgeleri doğrudan Güneş görmediğinden, sıcaklıkları -180 °C'den daha fazla artmamaktadır. Bu buzlu bölgelerde Mars'taki suyun 10'da 1'i kadar buz olduğu düşünülmektedir. Bunun kaynağının da gezegenin içinden çıkan gazlardaki su ve kuyrukluyıldızlarla taşınan su olduğu düşünülmektedir.
MESSENGER adlı sonda, bol miktarda kalsiyum, helyum, hidroksit, magnezyum, oksijen, potasyum, silikon ve sodyum belirlemiştir.
Merkür Güneş Sistemi'ndeki en basık yörüngeli gezegendir. Bu nedenle Güneş'e en yakınken 46 milyon km ve en uzakken 70 milyon km uzaklıkta bulunur. Gözle görülebilen beş gezegenden biridir.
Merkür Dünya'dan sonra gelen en yoğun gezegendir. Yoğunluğu ortalama olarak 5,4 g/cm3'tür. Bu kadar yoğun olmasının nedeni, çoğunlukla kaya ve metallerden oluşmasıdır. %70 metalik %30 kaya yapısındadır. Demir çekirdeği soğuyup büzüldükçe gezegenin yüzeyinin de bir anlamda buruştuğu düşünülmektedir. Bu buruşmalar, 1.5 km yükseklikte ve yüzlerce km uzunlukta şekillenebilir.
Bir çok katı gezegen gibi, Merkür'ün de erimiş bir çekirdeği olduğu düşünülmektedir. Gerçekte Merkür gibi küçük bir gezegenin erimiş çekirdeğinin hızla soğuması beklenir. Dünya'nın çekirdeği, hacminin %17'si iken Merkür'ünki %42'sidir. Merkür'ün iç yapısı şekildeki gibidir:
1 ile gösterilen kabuk 100-300 km kalınlığındadır. 2 ile gösterilen silikatlardan oluşan manto 500-700 km kalınlığında, 3 ile gösterilen çekirdek 1800 km çapındadır. Merkür Güneş Sistemi'ndeki en çok krateri olan gezegendir ve Ay'a çok benzer. Bunun temel nedeni, Güneş'e yakın olması, bu nedenle de 4.5 milyar yıl kadar önce oluşum aşamalarında, Güneş'in güçlü çekimine kapılan kuyrukluyıldızlar ve göktaşlarının bazılarının Merkür'e çarpmasıdır. Merkür'de görülen ve Ay'da da benzerleri olan düzlüklerin, gezegenin etkin volkanlarının olduğu ilk zamanlarında yüzeye yayılan magma tarafından oluşturulduğu düşünülmektedir.
Merkür kraterlerinin çoğu ünlü yazar ve sanatçıların adıyla adlandırılmıştır. Colaris krateri, 1.550 km çapıyla en büyük kraterdir. 1974 yılında Mariner 10 sondası tarafından keşfedilmiştir. Kraterin dışı 2 km yüksekliğindeki bir halka ile çevrilidir. Toplam olarak 15 adet büyük çarpma krateri vardır. Uluslararası Astronomi Birliği, henüz adlandırılmamış 4 ayrı krater için ünlü yazar ve sanatçıların önerilmesi için bir yarışma başlatmıştır. Son başvuru tarihi de bugündür.
Güneş'e yakınlığı, Merkür'e uzay aracı gönderme konusunda sorun yaratmaktadır.1974 ve 1975 yıllarında Mariner 10 adlı sonda üç kez uçuş yapmış ve bu sırada gezegenin yarısının haritasını çıkarmıştır. 3 Ağustos 2004 tarihinde ise Messenger sondası Merkür'e gönderilmiştir ve halen yörüngede dolanmaktadır.
Güneş'e çok yakın olan Merkür'ün atmosferi olması beklenmez. Dünya'nın yerçekiminin %38'ine sahip olan bu gezegen atmosferi tutamayacağı, Güneş rüzgarlarıyla atmosferin uzaya sürükleceği düşünülür. Yine de, bu Güneş rüzgarları, radyoaktif bozunmalar ve çok küçük göktaşlarından kaynaklanan toz nedeniyle atmosfer sürekli oluşmaktadır.
Merkür Güneş'e yakın olduğundan, Yer'den bakıldığında ya Güneş doğmadan önce doğuda ya da Güneş battıktan sonra batıda kısa süre gözlenebilir. Bir iç gezegen olduğu için, Venüs gezegeni gibi evreler gösterir. Merkür ortalama olarak her 116 günde bir Dünya'ya en yakın konuma gelir. Basık yörüngesi nedeniyle bu, 105 ile 129 gün arasında değişir.
Merkür gezegeni'nin yörüngesinin basıklığı 0.21'dir. Yani yörünge bir elips olarak düşünülürse bu, en dar kısmının en geniş kısmına oranıdır. Yörünge eğikliği 7°'dir. Bu nedenle ortalama olarak yedi yılda bir Merkür Güneş'in önünden geçer. 3 Haziran 2014 tarihinde, Mars yüzeyinde bulunan Curiosity (Merak) adlı insansız araç Merkür'ün Güneş önünden geçişini gözlemiştir. Bu gözlem, Dünya dışında başka bir gezegenden gözlenen ilk tutulma olayıdır. Merkür'ün dönme ekseninin eğikliği sıfıra çok yakın, 0.027°'dir. Eğer Merkür'ün kutuplarında olsaydık, Güneş'i tam olarak hiç bir zaman göremezdik. Ancak yarısını görebilirdik.
1859 yılında Fransız matematikçi ve gökbilimci Urbain La Verrier Merkür'ün yörüngesinde gözlenen yavaş presesyon hareketinin Newton Yasaları'yla açıklanamayacağını söylemiştir. Yörüngede görülen tedirginliklerin, aynı yörüngede bulunan, Güneş'e daha yakın daha küçük bir gezegenin ortaya çıkardığını önermiştir. Bu sanal gezegene Vulkan adı verilmiş ancak hiç bir zaman keşfedilememiştir. Merkür'ün yörüngesinin enberi (Güneş'e en yakın olduğu nokta) noktası yüzyılda 1,5556° dönmektedir. Newton Mekaniği ile yapılan tüm ayrıntılı hesaplamalar bu miktarın 1,5436° derece olması gerektiğini göstermektedir. 20. yüzyılın başlarında Einstein Genel Görelilik Kuramı'nı ortaya attıktan sonra bu durum açıklanabilmiştir. Benzer hareket, çok az da olsa diğer gezegenlerde de gözlenmektedir.
Merkür'ün görünür parlaklığı -2.6 kadir ile Sirius yıldızından daha fazla ve 5.7 kadir ile gözün gökyüzünde parlaklık algılama sınırı arasında değişir. Merkür Güneş'e yakın olduğundan ya sabah erken ya da akşamüstü gözlenebilir ama Tam Güneş Tutulmaları sırasında da görülebilir. Merkür Dünya'ya en uzak konumda Dolun Merkür evresinde olduğundan en parlak olarak görülür. Ancak tam bu evrede gözlenmesi Güneş'e yakınlığı nedeniyle çok zordur. Güneş'ten en uazak olduğu durumda 28° kadar ayrık görülür.
Yer'den bakıldığında bir gezegenin diğerinin önünden geçmesi, yani gezegen tutulması gökbilimde nadir görülen bir olaydır. Merkür ve Venüs bir kaç yüzyılda bir bunu gerçekleştirirler. Sonuncusu 28 Mayıs 1737 tarihinde olan bu olay 3 Aralık 2133'te bir kez daha olacaktır.
Bu yıl içinde Avrupa Uzay Ajansı, Japonya ile işbirliği çerçevesinde Merkür yörüngesine BepiColombo adı verilen bir görevle iki sonda gönderecek. Bunlardan biri harita çıkaracak, diğeri ise manyetik alanine inceleyecek. Bu görevle gidecek olan araç 2019'da Mars'a ulaşacak Her iki sonda da bir yıl çalışacak. Böylece bu küçük gezegenle ilgili çok daha ayrıntılı bilgiler edinebileceğiz.
